贵阳市人民检察院起诉书认为，该公司在未取得相应林地使用许可的情况下，非法占用、毁损林地、耕地等农用地共计650余亩。虽该公司对农用地承包经营权利人进行过赔偿，先后开展原地和异地补植复绿工作对林地进行过恢复，但被破坏的林地、耕地生态服务功能未得到合理补偿，其行为仍然无法弥补受损农用地的生态价值功能，应当承担相应民事责任。根据《中华人民共和国民法典》第一千二百二十九条、第一千二百三十五条的规定，公益诉讼起诉人经过诉前程序后，无相关组织或个人提起民事公益诉讼，为保护社会公共利益，根据法律规定提起公益诉讼。
检察机关认为，贵州省作为将生态保护放在经济社会发展突出位置的西部省份，绝不能够以牺牲生态环境为代价发展经济。该公司作为中央直管企业，既是国民经济发展重要支柱，也是行业标杆企业，理应在绿色发展方面起到带头作用，争做践行习近平生态文明思想的表率。而被告未经批准损毁农用地，对生态环境造成严重破坏，应赔偿违法占用林地造成的林木资源生态服务价值损失、违法占用耕地造成的生态损害价值、耕地恢复工程费用、调查评估费用等共计487.31万元。
庭审中，公益诉讼起诉人宣读了公益诉讼起诉书，出示相关证据，双方在合议庭的组织下对相关证据进行了质证，并进行了法庭辩论。合议庭对案件事实、证据认定、法律适用、判决结果等问题进行了充分合议后，由审判长当庭宣判，支持检察机关全部诉讼请求。宣判后，被告公司表示服从判决，不再上诉。
该公司表示，通过庭审过程充分认识到自己的行为破坏了生态环境，损害了国家利益和社会公共利益，要切实履行好判决义务，积极弥补造成的林地、耕地等生态服务功能损失。并表示，通过本案反映出自身在依法规范经营方面存在一定漏洞，下一步将申请检察机关帮助该企业开展合规审查，杜绝类似事件再次发生。